同一労働同一賃金ガイドラインの内容から、特別休暇を正社員のみが取得可とし、有期契約・パート従業員に対しては取得不可とすることは、『不合理』と判断される可能性が高いです。
ガイドラインでは、「通常の労働者と同一の慶弔休暇の付与並 びに健康診断に伴う勤務免除及び有給の保障を行わなければならない。」という記載がありますので、これを踏まえた対応を検討していく必要があります。
ただし、問題とならない事例として、「通常の労働者であるＸと同様の出勤日が設定されて
いる短時間労働者であるＹに対しては、通常の労働者と同様に慶弔休暇 を付与しているが、週２日の勤務の短時間労働者であるＺに対しては、 勤務日の振替での対応を基本としつつ、振替が困難な場合のみ慶弔休暇 を付与している。」
と有りますので、パート就業規則には、「所定労働日数が週4日以下のパート従業員は、勤務日の振替での対応を原則とする」という文言を追加しておくとよいでしょう。